抗生物質はチンチラ体内の有益な腸内細菌叢を死滅させてしまうことがあります。食欲の低下や場合によっては命を落とすこともあります。抗生物質を与える（飲ませる）時は、量や期間を充分に獣医師と相談してください。なるべく整腸剤とビタミン剤を同時に服用できるよう追加処方してもらってください。与え初めて異変があればすぐに獣医師に相談してください。もしどうしても抗生剤のみを飲ませなければならない場合は、乳酸菌の生きているヨーグルトや生菌製剤（新ビオフェレミン等）を水で溶かして少量与えるとこの害を多少なりとも抑えてくれます。そして同時に飲み水に「チンチラビタミン」を溶かして与えてください。同じ抗生剤でも注射による投与とはいまのところ弊害例はないようです。獣医師とよく相談して対処してください。
不正咬合の処置を受けてから食欲がなくなるのは抗生剤の影響の可能性があります。抗生剤を飲ませると硝化菌が殺される。非ステロイド系消炎剤ならまだ使えます。チンチラの経口抗生剤は注意が必要です。
飲み薬をなかなか飲んでくれない場合は、シロップや野菜ジュースを混合させるのも方法です。飲み水を一時的に与えないことで、溶かした薬を飲んでくれる場合もあります。強制的に口に注射器（針なし）を入れて飲ませるよりも自発的に注射器を舐めるようにするほうがストレスが少なくてすみます。強制的におこなう場合はすばやく飲ませて負担がなるべくないように配慮してあげてください。
苦みのある薬を与える場合は、シリンジ（注射器）などでまず苦い薬を吸って、その後に甘味のかなり強い物（ガムシロ・クロミツなど）を吸います。そうするとシリンジのなかに、薬の部分と甘味の層ができます。このシリンジの中は注射口の部分に甘い層、後の部分が苦い層ですね。口に先にはいるのは、甘い部分です、甘味は味覚の中でも一番早く感じる部分だそうです。苦みを感じるのは少し時間が掛かるので、甘い部分が口に入って飲んでいるうちに、苦い部分を飲ませます。 （この時のコツはシリンジを振らないことです。）
参考資料 抗生物質の安全度合い（うさぎのデータですがチンチラにも該当すると思われます）
| 安全 | エンロフロキサシン、クロラムフェニコール、ポリミキシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、テトラサイクリン、ドキシサイクリン、サルファ剤 |
| 危険 | リンコマイシン、クリンダマイシン、マクロライド系薬（経口投与）、アミノグリコシド系薬（経口投与）、合成ペニシリン、セフェム系薬 |
注） 安全度合いはまだ基礎的・臨床的な裏付けがありません