抗生物質はチンチラ体内の有益な腸内細菌叢を死滅させてしまうことがあります。食欲の低下や場合によっては命を落とすこともあります。抗生物質を与える（飲ませる）時は、量や期間を充分に獣医師と相談してください。なるべく整腸剤とビタミン剤を同時に服用できるよう追加処方してもらってください。与え初めて異変があればすぐに獣医師に相談してください。もしどうしても抗生剤のみを飲ませなければならない場合は、乳酸菌の生きているヨーグルトや生菌製剤（新ビオフェレミン等）を水で溶かして少量与えるとこの害を多少なりとも抑えてくれます。そして同時に飲み水に「チンチラビタミン」を溶かして与えてください。同じ抗生剤でも注射による投与とはいまのところ弊害例はないようです。獣医師とよく相談して対処してください。
飲み薬をなかなか飲んでくれない場合は、シロップや野菜ジュースを混合させるのも方法です。飲み水を一時的に与えないことで、溶かした薬を飲んでくれる場合もあります。強制的に口に注射器（針なし）を入れて飲ませるよりも自発的に注射器を舐めるようにするほうがストレスが少なくてすみます。強制的におこなう場合はすばやく飲ませて負担がなるべくないように配慮してあげてください。
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