オスの生殖器のまわりが毛で覆われてしまうことがあります（ヘアリング）。ペニスに毛がからまることによって炎症をおこしたりします。この場合はピンセットですばやく余分な毛を抜いてあげてください。チンチラがおしりのあたりを一生懸命になめているときはチェックしてあげてください。
オスの陰茎が外皮から飛び出て皮に戻らないことがおきることがあります。どこかにぶつけたりした時に突発的におきます。ほかっておくと陰茎が乾燥し、壊死をおこすこともあるので、清潔な手で押し込んであげてください。うまくいかないときは獣医さんにやってもらってください。戻しやすくする軟膏もあります。発情期には、よく「出る」ことがあります。しかし一過性なのでまた収まります。しかし、体質的にすぐ飛び出てしまう場合は治療方法がありません。敷き材を清潔にするしか方法がありません。傷ができて、汚れで炎症をおこすことに気をつけてあげてください。
メスでは出産後の感染症や高齢による内分泌バランスの崩れで陰部から血や悪露が出ることがあります。出産後は衛生に気を付ける必要があります。高齢になってくると規則正しい生活が重要になってきます。子宮からの出血はかならず検診をうけるようにしましょう。抗生剤投与や手術ということもあります。
肛門から腸が飛び出る脱肛はベビーのチンチラによく見られます。過度のストレス、ショック、異物摂取、下痢などが原因でおきる場合もあれば、なにもなくても突然おきる場合もあります。成長期におきやすいので、毎日の観察が重要です。初期のうちに獣医さんにつれていく必要があります（腸を押し戻す処置）。脱肛は手遅れになりやすいので注意します。生後６ヶ月以降ではおきにくくなります。